A nivel mundial, ésta es quizá la unidad de conservación en estado natural por excelencia. La reserva en sí tiene una extensión mayor que la mitad de Suiza y gran parte de ella se mantiene virgen. Pueblos amazónicos sin contacto con la civilización habitan aún la cuenca alta del río Manu.
Por otra parte, la variedad de aves es impresionante. La reserva alberga mas de 1000 especies (una cifra significativamente mayor que la totalidad que especies de Costa Rica y mas de la décima parte de todas las aves del mundo).
Luego de cruzar los andes la ruta se interna en los bosques brumosos. Los árboles abundan aquí formando arboledas desde los 3,300 msnm. Y descienden en dirección de la cuenca del Amazonas y de las fronteras del Perú con Bolivia y Brasil. Durante el lento descenso, a través de los bosques brumosos, en cada 500 metros de perdida de elevación se observa la presencia de nuevas aves.
Este es el lugar del gallito de las rocas andino y presenciar su cortejo constituye uno de los espectáculos ornitológicos mas fascinantes del mundo. También existen 02 especies de quetzales. En realidad estos bosques húmedos montañosos son la morada de una variedad absolutamente increíble de aves multicolores.
En el Manu los bosques de encuentran intactos, lo que permite hallar ciertas aves especiales como el pájaro paraguas, el guacamayo de cabeza azul y el guacamayo militar.
Las playas que se forman en las orillas del río están atestadas de nidos de aves durante la estación seca. Los guanaguanares fluviales y los gansos de Orinoco observan cautelosamente desde la orilla. Colonias inmensas de aguaitacaminos blancos se acurrucan y anidan sobre la arena caliente.
Para el estudioso de las aves, que busca lo misterioso y lo raro, éste es el lugar idóneo. Esta selva ha proporcionado la lista diaria mas grande jamás registrada en el planeta y posee rarezas pocas veces observadas como el cotinga de cara negra y el pollito hormiguero de frente castaña. También observar cientos de coloridos guacamayos y otros loros que se congregan para comer la arcilla necesaria para su digestión, en el marco de uno de los espectáculos naturales más grandes del mundo.
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